Utrudnienia w raportach
Niektóre instytucje legitymizują działania administracyjne lub polityczne, które daleko odbiegają od celów, dla których zostały powołane, a nawet służą sankcjonowaniu zjawisk patologicznych bądź korupcyjnych. Na przykład Regionalne Komitety Sterujące nie wypełniają należycie funkcji związanych z monitorowaniem poprawności merytorycznej wyboru projektów ani odpowiednio nie reprezentują podmiotów uczestniczących w programie w danym regionie. Zamiast tego faktycznie legitymizują decyzje podjęte zgodne z miejscową kulturą polityczną, wobec których w części przypadków uzasadnione są podejrzenia o korupcję polityczną. Część regulacji jest reinterpretowana przez lokalnych urzędników lub polityków niezgodnie z intencjami twórców systemu zarządzania, a nawet w oczywistej sprzeczności do tych intencji i ducha prawa. Na przykład wytyczne ministerstwa zarządzającego ZPORR mające służyć zwiększeniu jawności procedury wyboru projektów zostały w niektórych regionach wykorzystane do faktycznego ograniczenia dostępu opinii publicznej do wyników i uzasadnienia decyzji administracyjnych. Także deklaracje poufności mające na celu chronić dane osobowe, tajemnice handlowe lub biznesowe są faktycznie wykorzystywane do ograniczenia jawności informacji o sposobie głosowania przez poszczególnych członków gremiów decyzyjnych. Mogą również przyczyniać się do utrudnienia ewentualnego raportowania o nieprawidłowościach.
Korekta jedynie merytoryczna
Jak się wydaje, jednym ze sposobów instytucjonalnego przeciwdziałania zjawiskom nieprawidłowości dotyczących negatywnych aspektów kultury politycznej byłoby precyzyjne rozdzielenie funkcji związanych z wdrażaniem projektów od funkcji kontrolnych. Ponadto uzasadnione jest wyraźne oddzielenie etapu programowania, który powinien być realizowany przez polityków regionalnych, od etapu wyboru i realizacji projektów, który powinien być realizowany przez ekspertów i urzędników. Jednocześnie politycy regionalni powinni mieć odpowiednie instrumenty kontroli pracy urzędników oraz monitoringu realizacji projektów.
Istotne znaczenie ma określanie przez polityków regionalnych (tj. władze samorządu województwa) odpowiednich szczegółowych kryteriów merytorycznych dotyczących procedury konkursowej, w odniesieniu do strategii rozwoju województwa i wytycznych programowych Komisji Europejskiej oraz ministerstwa zajmującego się rozwojem regionalnym. Jednocześnie za przeprowadzenie konkursów oraz podjęcie odpowiednich decyzji w tej mierze powinni odpowiadać wyłącznie urzędnicy. Władze samorządowe (tj. politycy regionalni) powinny kontrolować przebieg procedury konkursowej i mieć możliwość unieważnienia decyzji urzędników jedynie w przypadku stwierdzenia błędów proceduralno-formalnych lub niedotrzymania przez urzędników odpowiednich kryteriów merytorycznych wyznaczonych dla danego konkursu. Politycy nie powinni więc podejmować arbitralnych decyzji konkursowych (jak to ma miejsce w ZPORR), a jedynie korygować ewentualne nieprawidłowości wcześniejszych decyzji urzędników (tj. nakazać wznowienie procedury konkursowej).