Wsparcie dla zaawansowanych oznacza potrzebę wzmocnienia dotychczasowych wysiłków w prowadzeniu badań w kierunkach strategicznych, zwiększenia skali przepływu technologii z instytucji badawczych do naukowych, wreszcie zwiększenia inwestycji prywatnych w badania i innowacje. Unijna polityka innowacyjna powinna też silniej zachęcać europejskie przedsiębiorstwa do współpracy. Badania dowodzą bowiem, że przedsiębiorstwa z krajów członkowskich częściej współpracują w zakresie rozwoju nowoczesnych technologii z firmami amerykańskimi aniżeli między sobą. Jest to związane z kilkoma przyczynami, wśród których specjaliści wymieniają przewagę technologiczną koncernów amerykańskich, ale także specjalne programy pomocowe rządu federalnego, zachęcające amerykańskie firmy do poszukiwania współpracy na starym kontynencie.

Drugim wyzwaniem dla polityki unijnej jest rozwój nowoczesnej gospodarki w nowych krajach członkowskich oraz państwach kohezyjnych z południowej części Europy. Wymaga to zwiększenia pomocy dla tych krajów, a więc również wyznaczenia kwotowych pułapów ich udziału w programach ramowych. Dotychczasowy system bazujący na konkursach i premiowaniu światowej jakości badań przynosi bowiem wyraźną dysproporcję absorbowanych środków przez kraje z północnej części kontynentu. Potrzebne są również specjalne programy kierowane do krajów, które rozwijają się słabiej. Powinny one wspierać budowę nowoczesnych systemów innowacyjnych w tych państwach.

Ponadto polityka europejska powinna w większym stopniu stymulować rozwój infrastruktury badawczo-rozwojowej w tych państwach, w tym powstawanie silnych ośrodków naukowo-badawczych w regionach peryferyjnych. Doświadczenia rozwoju regionów peryferyjnych sugerują jednocześnie, że wsparcie publiczne nie może ograniczać się jedynie do rozwoju infrastruktury telekomunikacyjnej oraz badawczej. Powinno być także silnie ukierunkowane na rozwój zasobów ludzkich, pobudzenie przedsiębiorczości oraz komercjalizację badań naukowych przez sferę biznesu. Wyzwaniem dla polityki innowacyjnej Unii jest również zwiększenie przepływu nowoczesnych technologii między przedsiębiorstwami zachodnioeuropejskimi a firmami z krajów kohezyjnych i nowych państw członkowskich. Jest to zadanie szczególnie trudne w warunkach silnej rywalizacji wewnątrzeuropejskiej. Wymagałoby to odpowiedniego konstruowania programów pomocowych dla firm europejskich. Mogłyby one zostać zobowiązane do zwiększania kooperacji z przedsiębiorstwami z nowych krajów członkowskich, w tym również w zakresie udostępniania technologii wprowadzanych dzięki wsparciu z budżetu Unii. Wiadomo, że część nowoczesnych technologii powstaje w unijnych centrach badawczych. Praca tych ośrodków mogłaby być w większym stopniu skierowana na potrzeby europejskiej gospodarki, a komercjalizacja ich badań w większym stopniu realizowana w regionach peryferyjnych.